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A inseminação artificial possui várias vantagens para animais domésticos e de zoológico. Há uma menor chance dos animais se machucarem durante o processo de acasalamento, há menos estresse para a fêmea, que geralmente é quem tem que ser transportada para a casa do macho. Mas nenhum sistema de reprodução é perfeito, nem mesmo a inseminação artificial.
Legalidade
Em certas raças de animais domésticos, é impossível registrar a prole de inseminação artificial. Isso é mais proeminente no caso de cavalos puro-sangue, todos os potros de sangue puro devem ser resultado de um acasalamento natural para serem registrados em um jóquei clube. O jóquei clube americano, por exemplo, é especialmente inflexível nesse ponto e se um cavalo não pode ser registrado, ele é impedido de correr.
Ovulação
Em algumas espécies, o acasalamento é necessário para que as fêmeas ovulme, pois elas não possuem um período específico de reprodução. Por exemplo, há espinhos microscópicos nos pênis dos felinos (desde gatos domésticos até tigres) e quando esses espinhos são raspados na parede vaginal da fêmea, isso faz com que ela libere óvulos em seu útero. De acordo com especialista, as fêmeas de gatos não ovulam entre 20 a 23 horas depois de acasalar, o que impossibilita a inseminação artificial.
Coleta
Para coletar o sêmen do macho, uma pessoa deve chegar bem próximo a um animal perigoso e altamente excitado com um aparelho de coleta. Apesar de que alguns animais como porcos e cavalos foram ensinados a montar em bonecos, esse sistema não existe para animais de zoológico. Por exemplo, o santuário de coalas Lone Pine, realizou o processo com sucesso em coalas com vaginas artificiais, mas só podem coletar o sêmen depois de interromper um acasalamento real. Os coalas podem infligir ferimentos graves.
Custo
Outra grande desvantagem é o custo considerável para armazenar o esperma coletado em nitrogênio líquido, enviar à fêmea e então pedir para um veterinário realizar o processo de inseminação. Os pandas gigantes, por exemplo, precisam ser anestesiados antes da inseminação. Os custos de equipamentos de coleta, instalações de armazenamento, transporte e cuidados veterinários podem ser altos. Em contraste, a reprodução natural pode ser relativamente barata, especialmente para animais dóceis.
Especulação
Há também a teoria de que os animais precisam aprender o ato de reprodução assistindo a seus pais acasalarem. Mamíferos e pássaros precisam ver membros de sua espécie acasalando para aprender. De acordo com pesquisadores do Animal Planet, isso é uma preocupação especial em pandas gigantes, já que a fêmea tem seu período fértil apenas uma vez por ano. As pandas fêmeas devem ser anestesiadas antes da inseminação artificial. Isso não deixa muito tempo para os machos descobrirem o comportamento reprodutivo, não existem muitos pandas em cativeiro que saibam como acasalar. Se todos os animais fossem procriados por inseminação artificial, com o passar do tempo, esse seria o único método conhecido por eles para reproduzir.