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Os fungos são um grupo de micro-organismos classificados em um reino separado de plantas e animais. Eles são abundantemente encontrados em uma série de ambientes e vivem uma existência independente, dependente (parasitas) ou mutuamente benéfica. Os fungos são vitais para manter o bom funcionamento do ecossistema pela decomposição de matéria morta e a liberação de nutrientes vitais no solo e na atmosfera.
Fungos saprófitas
Fungos saprófitas (ou decompositores) são o maior grupo de fungos presentes no solo. Eles convertem matéria morta ou em decomposição em ácidos orgânicos, dióxido de carbono e biomassa fúngica (ou seus próprios corpos). Eles decompõem a matéria orgânica dura, tais como a madeira, através do consumo dos seus nutrientes e da sua imobilização no solo. Os fungos saprófitos são capazes de quebrar a celulose, a lignina (a qual quebrada libera o carbono essencial que é utilizado por muitos organismos) e proteínas. Eles são normalmente encontrados em torno de animais mortos, insetos, folhas e árvores caídas. Exemplos de fungos saprófitas incluem Pleurotus ostreatus (cogumelo ostra), Lentinula edodes (shiitake) e Stropharia rugosoannulata (Stropharia rei).
Fungos mutualistas
Os mutualistas são um grupo de fungos que forma relações mutuamente benéficas (relações que ambas as espécies envolvidas são beneficiadas) com as plantas. Tipicamente, eles crescem sobre as raízes das plantas e as ajudam a obter nutrientes (tais como o fósforo) a partir do solo. Os fungos micorrízicos são um grupo de mutualistas que cresce dentro das raízes das plantas. Existem quatro grupos principais de fungos micorrízicos, incluindo orquidoides, ericoides, ectomicorrizas e arbusculares. Quase 90% de todas as plantas formam associações mutuamente benéficas com fungos micorrízicos. Exemplos de fungos mutualistas incluem os das famílias Zygomycota e Basidiomycota.
Fungos patogênicos
Fungos patogênicos invadem sua planta hospedeira e decompõem a matéria viva. Eles retiram os nutrientes vitais dos seus hospedeiros, causando o enfraquecimento da planta e, eventualmente, a sua morte. Os fungos patogênicos penetram em uma planta por meio de sua pele exterior (epiderme) ou crescem dentro do seu estômato (buracos de respiração). Eles infectam uma planta e causam a sua morte, ou a deixa viver enquanto roubam os nutrientes vitais da planta viva. As doenças de plantas causadas por fungos presentes no solo incluem o apodrecimento, a mancha negra, úlcera, ferrugem, doença da Rhizoctinia, apodrecimento da raiz e verruga da batata. Os fungos patogênicos são comumente encontrados no solo no início da safra. Exemplos de fungos patogênicos incluem Pythium, Rhizoctonia, Phytophthora e Verticillium.