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Protozoários e bactérias pertencem a diferentes domínios da vida, os eucariontes e os procariontes, separados por longas eras da evolução. Mesmo assim, como todas as formas de vida na Terra, eles têm um ancestral comum, e, portanto, possuem intrigantes semelhanças. Apesar da incrível diversidade tanto de protozoários quanto de bactérias, é possível fazer algumas generalizações sobre aquilo que eles têm em comum.
Código genético
Em protistas, bactérias e todos os outros organismos, algumas sequências de pares de bases químicas de DNA codificam certos aminoácidos. Esse código é praticamente universal, no sentido que a mesma sequência de DNA vai codificar a mesma sequência de aminoácidos tanto em um protozoário quanto em uma bactéria. Exceções incluem o fato de que algumas bactérias usam a sequência UAG para codificar pirrolisina em vez de ser um códon de parada, que é o que ocorre em outros organismos. Apesar disso, majoritariamente, o código é uma similaridade marcante entre bactérias e protozoários.
Ribossomos
Tanto as bactérias quanto os protozoários primeiro transcrevem seu DNA em RNA, e depois traduzem esse RNA em uma proteína usando estruturas complexas chamadas ribossomos. Novamente, eles dividem essa semelhança com todas as demais formas de vida. A estrutura dos ribossomos se altera um pouco entre bactérias e eucariotos como os protozoários. Essa diferença é importante, também, pois alguns antibióticos matam bactérias fazendo o uso das diferenças entre os ribossomos de eucariotos e bactérias.
Membranas celulares
Tanto bactérias como protozoários possuem membranas celulares feitas de moléculas chamadas fosfolipídios. Um fosfolipídio em uma bactéria ou protozoário possui um grupo solúvel em água em uma ponta e uma cauda insolúvel na outra, então as membranas celulares são formadas por uma dupla camada desses componentes. A cauda fica virada para o centro da dupla camada. As bactérias têm uma parede celular, além de sua membrana celular, no entanto, algumas bactérias possuem membrana interna e externa.
Processos altamente conservados
Bactérias e protozoários apresentam surpreendentes semelhanças em vários processos bioquímicos, que também são muito similares a todas as outras formas de vida. O processo que bactérias e protozoários usam para quebrar a glicose é chamado de glicólise. Apesar de ter algumas variações, a glicólise acontece em quase todos os organismos conhecidos. Da mesma forma, o processo de replicação do DNA é muito similar entre bactérias e protozoários com algumas pequenas diferenças.