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As cores primárias da pelagem de cavalos (castanho, baio, marrom e preto) são controladas pela interação do gene de extensão e pelo gene agouti. O gene de extensão controla a produção dos pigmentos preto e vermelho, enquanto o gene agouti controla sua distribuição. Esses dois pigmentos podem ser diluídos em cinco outros genes que produzem as cores creme, champagne, cobre, perolado e prateado.
Pelagem escura
Muitas raças possuem uma pelagem muito escura, chegando a ser preta. A capa preta é distinguida pelo fato de o cavalo não ter outras cores: a crina, as pernas e o corpo são completamente pretos. Se você consegue ver sinal de outras cores ou marcas, o cavalo não é um capa preta autêntico. O castanho escuro é o tipo mais escuro das raças castanhas, ela possui muitos pelos pretos com manchas profundas de vermelho na crina e na cauda. Cavalos baios parecem ser pretos, mas quando observados mais de perto, é evidente que eles possuem um pelo marrom com algumas partes mais claras. A coloração azul ruão é um cavalo preto com o gene ruão, dando ao cavalo uma coloração preta com alguns pelos brancos no meio da pelagem.
Pelagens marrons e areia
A maioria dos cavalos se encaixa na categoria das pelagens marrons e areia. A raça castanha inclui os tons de vermelho, amarelo e loiro. O castanho avermelhado possui uma pelagem vermelha, laranja e marrom que se destaca na capa brilhante do animal. O castanho claro é caracterizado por uma pelagem vermelha e marrom com cores claras nas pontas da crina e da cauda. O castanho loiro tem uma cor marrom distinta com pelos amarelados e cor de areia na crina e na cauda. Cavalos baios possuem uma cor marrom bem característica e possuem pontas pretas na cauda, na crina e nas patas. Cavalos baios castanhos possuem uma cor amarelo forte com tons de marrom escuro nas patas, cauda e crina. Cavalos palomino possuem um tom dourado com um tom creme na crina e na cauda. Cavalos grollo ou grulla são acinzentados, podendo ter tons claros e escuros da mesma cor, além de possuírem pelos pretos de marrons na cauda e na crina.
Pelagens claras e brancas
Algumas raças mais raras se encaixam na categoria de pelagem branca e de cores bem claras. Cavalos completamente brancos ou predominantemente brancos são os tipos mais raros. A cria só será completamente branca se o pai e a mãe forem brancos. Os puramente brancos são distinguíveis pela sua pele rosada, pelos completamente brancos e olhos cor de avelã. Cavalos tipicamente pardos são caracterizados pela pelagem de cor clara a amarelada, passando pelo cinza, com patas, crina e cauda um pouco mais escuros. Além disso, eles são distinguíveis por algumas manchas escuras ao longo da espinha dorsal. O cavalo camurça possui uma cor bronze claro, alguns pelos amarelados e patas, crina e cauda pretas. Eles são muito similares ao pardo, mas eles não possuem as manchas na espinha dorsal. Os cavalos caramelo e perlino são cavalos castanhos e baios com dois genes da cor creme que dão a eles a característica da cor clara. Eles tem pele rosada, olhos azuis e a crina e cauda deles possui pelos brancos. Cavalos cor de champagne são difíceis de distinguir dos brancos puros, pois eles também têm pele rosada e pelos brancos; porém, eles não tem os olhos azuis típicos ao nascer, que se tornam cor de avelã ou verde conforme eles crescem.
Malhados
Os dois tipos de pelagem malhada são o appaloosa ou o pintado. Os cavalos appaloosa não possuem nenhuma cor em específico, mas eles têm pequenos pontinhos em toda a pelagem. Os appaloosa leopardo, por exemplo, possuem pontos grandes e escuros em uma pelagem clara, cinza ou branca. O appaloosa nevado possui pontos claros ou brancos em toda a pelagem, que é escura, geralmente marrom. Os três tipos de padrões nos cavalos pintados lembram o padrão de uma vaca malhada. Cavalos tobiano possuem as quatro patas brancas e grandes manchas pretas arredondadas. Cavalos overo possuem manchas menores que as do tobiano e elas são pontudas ao invés de arredondadas. Além disso, os overo não têm uma cor específica, alguns são brancos com manchas marrons e outros são pretos com manchas claras. Já os tovero não são específicos e são uma combinação de tobiano e overo.